La storia di San Donato inizia con le prime installazioni di popoli in epoca pre-romana. Diverse popolazioni come gli Etruschi, i Liguri e i Galli vissero nelle pianure che da Milano si dirigono verso Melegnano; pianure che ora ospitano il comune di San Donato Milanese.
Il vero sviluppo dei primi centri nella zona avvenne però in piena epoca romana. Nel 333 d.C. la strada Mediolanum-Laus Pompeia collegava Milano a Lodi ed era lunga sedici miglia.
Ad ogni miglio era installata una pietra miliare che indicava la distanza da Milano. San Donato era all’altezza della quinta pietra, ad quintum lapidem.
All’altezza di ogni pietra infatti la via principale incrociava una via secondaria e in prossimità di questi incroci vennero fondate delle chiese, tra cui quella di San Donato; attorno alla quale cominciò a svilupparsi il vero e proprio centro.
È però in epoca Longobarda (VII secolo) che si fa cadere la fondazione della prima pieve di San Donato, ad opera dell’esercito di Grimoaldo, duca di Benevento che, avendo mire su Pavia, aveva fatto installare le proprie truppe proprio sul futuro territorio di San Donato.